El 5 de agosto del año 2002, una organización sindical de profesores de religión de Canarias, a través del Tribunal Superior de Justicia de Canarias, plantearon al Tribunal Constitcuinal la inconstitucionalidad de los párrafos 3º y 4º del artículo III, el artículo VI y el artículo VII del Acuerdo sobre Enseñanza y Asuntos Culturales de 3 de enero de 1979 firmado entre el Estado Español y la Santa Sede, así como respecto del párrafo primero de la Disposición Adicional Segunda de la Ley 1/1990, de 3 de octubre, (LOGSE) en la redacción dada por la Ley 50/1998, de 30 de diciembre, de Medidas Fiscales, Administrativas y del Orden Social.

El 15 de febrero del año 2007, el Tribunal Constitucional dictó sentencia en la que INADMITE la cuestión de inconstitucionalidad de los artículos III, VI y VII del Acuerdo Iglesia-Estado, de 3 de enero de 1979 y DESESTIMA la cuestión de inconstitucionalidad de todo lo demás.